• Operación 40 (Desarrollo: ): Mason despierta en una extraña sala, atado a una silla y rodeado de monitores de televisión. Unos hombres le hacen preguntas extrañas relacionadas con números y con su pasado. La acción se remonta a 1961, en Bahía de Cochinos. Un comando formado por el sargento Woods, Mason y Bowman tienen la misión de asesinar a Fidel Castro, se reunen en un bar con un guía llamado Carlos y son descubiertos por la policía cubana. Tras escapar, llegan hasta un complejo y asaltan un hotel donde podría estar Castro. Mason se infiltra y lo asesina, pero para escapar, deben usar un avión. Mason se baja en marcha para despejarle la pista, pero es capturado. Entonces aparece el verdadero Castro, el cual dice que el que asesinaron era solo un doble. Parece ser amigo de un tipo llamado Nikita Dragovich y este se lleva a Mason prisionero como "regalo" de Castro.

• Vorkuta (Desarrollo: ): Mason es llevado hasta la Unión Soviética, donde es condenado a trabajos forzados en un gulag en Vorkuta. Dos años después, Mason y Reznov (al cual ya vimos en Call of Duty: World at War) planean escapar de la prision de máxima seguridad de Vorkuta con la ayuda de los demás prisioneros. Tras salir de la prisión, los guardias causan una masacre entre los indefensos prisioneros, aunque gracias a la astucia de Reznov logran abrir las puertas del gulag y escapar en motocicletas. Después logran subirse a un camión y al pasar cerca de un tren, Mason aprovecha para saltar al tren y le dice a Reznov que salte. Pero Reznov no lo logra, los soldados sovieticos lo interceptan y aparentemente no sobrevive.

• U. S. D. D. (Desarrollo: ): Tras su huida de Vorkuta, Mason fue puesto al mando de Jason Hudson por la CIA. Mason llega en helicóptero a Washington D.C.. Tras subir a una limusina, se entrevista con el Secretario de Defensa Robert McNamara, el cual le dice que la seguridad de los Estados Unidos está en peligro por culpa de Dragovich. Mason llega entonces al Pentágono y en una sala de reuniones se entrevista a solas con el presidente John F. Kennedy. Éste le explica que debe eliminar a Nikita Dragovich o el modo de vida de los Estados Unidos estará en peligro.

• Orden Ejecutiva (Desarrollo: ): La misión de Mason y Woods es infiltrarse en el cosmódromo de Baikonur junto con otro agente de la CIA (Weaver) y sabotear la Operación Ascensión, es decir, el lanzamiento del cohete Soyuz, donde además se espera que esté Dragovich. Al llegar deben reunirse con Weaver, pero este es capturado por los soviéticos. Entonces el pelotón de Woods y Mason, por iniciativa de este, logran rescatarlo. Aunque tratan de impedirlo, el cohete es lanzado. Pero Mason logra derribarlo usando cohetes Valkyria. Esto provoca que gran parte de los laboratorios se incendien. Avanzando por ellos, el pelotón de Mason logra atacar la limusina donde viajaba Dragovich. La limusina quedó ardiendo, así que se supuso que murió carbonizado.

• S. O. G. (Desarrollo: ): Mason pasó los siguientes cinco años buscando a Dragovich, convencido de que estaba vivo. Entonces la CIA envió a Mason a la Guerra de Vietnam, en Khe Sanh, bajo el mando de Jason Hudson, para investigar la presencia soviética en la región. Allí se reúne con Woods, el cual le cuenta la creación del grupo SOG. La misión era dirigirse hacia Hue, pero debido al ataque del Vietcong sobre Khe Sanh, Woods decide quedarse para defender el lugar, lo cual logran, no sin muchos esfuerzos.

• El Desertor (Desarrollo: ): En plena ofensiva del Tet, la misión del equipo de Woods y Mason es rescatar a un desertor de la URSS que resulta ser Reznov. El interrogador de Mason le dice que el desertor murió, ya que estaba rodeado de soldados del Vietcong. Pero Mason insistía en que estaba vivo. Tras entrar en una sala, encuentra a Reznov, el cual le dice que ni siquiera el Kremlin conoce los planes de Dragovich. Después de avanzar por las ruinas de Hue, finalmente logran ser evacuados de la ciudad.

• Números (Desarrollo: ): En Hong Kong, Hudson y Weaver interrogan a un científico británico llamado Daniel Clarke, que trabajaba para Dragovich. Este les cuenta que fué contratado para establecer ciertos parámetros sobre el Nova-6, pero que ahora, los hombres de Dragovich le buscaban por todo el planeta. Finalmente son atacados por los hombres de Dragovich y deben escapar por los tejados de Kowloon. En el camino, Clarke les cuenta que la base de Dragovich está en Yamantau, en los montes Urales y que Dragovich y Steiner hablaban de unos números de los que dependía su plan. Pero un Spetsnaz le dispara en la cabeza a Clarke, antes de que pudiera ofrecerles más información.

• Proyecto Nova (Desarrollo: ): Esta misión se remonta 20 años atrás. Cuando estaban en Vorkuta, Reznov le habló a Mason sobre lo ocurrido con Dragovich y Kravtchenko. En una operación llamada Proyecto Nova, a finales de 1945, la misión era capturar a un científico nazi llamado Friedrich Steiner. El pelotón de Reznov y Dimitri Petrenko (uno de los protagonistas de Call of Duty: World at War) tenía la misión de asaltar la base donde se ocultaba el científico. En el camino, Reznov le dijo a Dimitri que ni Dragovich ni Kravtchenko eran sujetos de fiar. Los soviéticos asaltan la base y capturan a Steiner. Reznov observó que Dragovich y Steiner se trataban con bastante camaradería, lo cual hacía desconfiar a Dimitri. Tras localizar un barco destrozado en medio del hielo, todos entran y ven un cohete V2 que Steiner les dice que está lleno del gas Nova-6. Dragovich quería comprobar los efectos del gas y utilizó al pelotón de Reznov y Dimitri como cobayas del gas. Reznov y dos hombres lograron sobrevivir, pero Dimitri y otros dos murieron debido al gas. Reznov y sus dos camaradas colocaron explosivos en el cohete pero en su huida, tuvieron que rechazar a comandos del SAS británico que deseaban hacerse con el gas. Finalmente logran escapar por un terraplen, mientras que a sus espaldas el buque con el gas estalla. O eso pensaba Reznov. Desde entonces, Reznov juró matar a Dragovich, Kravtchenko y Steiner para vengar a su mejor amigo muerto.

• Víctor Charlie (Desarrollo: ): La misión entonces era dirigirse hacia las selvas de Vietnam del Norte, donde Kravtchenko estaba cooperando con los esfuerzos del Vietcong. Los interrogadores le preguntan a Mason si Reznov viajó con él, Mason responde afirmativamente. Pero por el camino, su helicóptero es derribado y se ven rodeados de norvietnamitas. Mason, Woods y Reznov logran escapar a través de la jungla y se reúnen con el equipo Whiskey. Tras avanzar por aldeas vietnamitas, Mason, Reznov y un soldado llamado Swift entran en unos túneles del Vietcong. Kravtchenko ya sabía que estaban ahí y vuela los túneles para matarlos, pero Mason y Reznov logran escapar a tiempo.

• Lugar del Accidente (Desarrollo: ): Mason, Woods, Reznov, Bowman y el equipo SOG tienen que recuperar el arma Nova-6 entre los restos de un avión soviético derribado. Investigan el lugar del accidente, pero resulta que los rusos la capturaron. Entre los restos encuentran armas estadounidenses y un mapa que señala el complejo de Kravtchenko. Pero al poco tiempo, los rusos intervienen para recuperar el mapa y el equipo SOG tendrá que defenderlo. Sin embargo, los rusos logran capturar a Mason, Woods, Reznov y Bowman.

• ADM (Desarrollo: /): La misión comienza en una base aérea estadounidense en California. Un avión SR-71 Blackbird despega con los pilotos Mosely y Neitsch. Su misión es apoyar al pelotón compuesto por Hudson, Weaver, Harris y Brooks. Estos y su equipo tienen que infiltrarse en una base soviética, que resulta el complejo de Kravchenko. Primero tienen que desconectar la energia de la antena, para asi asaltar la base terrestre. Pero al escapar, un soldado enemigo les dispara al puente con un RPG-7, provocando una avalancha y la muerte de Harris. Pero aún así, logran escapar lanzándose de la montaña con paracaidas y al llegar a la base terrestre entran al laboratorio del complejo. No encuentran ni el Nova 6 ni a Steiner, pero descubren en un mapa todos los objetivos donde Dragovich pretende liberar el Nova 6. Sin embargo, quedan atrapados en el laboratorio y por medio de interferencia en sus radios, Steiner logra comunicarse con el peloton y les pide que a cambio de que lo rescaten de la "Isla Renacimiento", les dirá todo lo que sabe, ya que Dragovich se disponía a matar a todos los relacionados con el "Proyecto Nova". El pelotón escapa y la avalancha alcanza la base, sepultándola por completo en la nieve.

• Venganza (Desarrollo: ): Mason, Woods y Bowman se encuentran cautivos en un subterraneo del Vietcong. Ahí se les obliga a jugar a la Ruleta Rusa. Bowman se rehusa a jugar y es asesinado por un Spetsnaz, quien lo golpea repetidas veces con un pequeño trozo de tuberia en la cabeza y lo mata. Luego le toca a Woods, quien tiene suerte y no le toca la bala. Finalmente le toca a Mason, quien se las ingenia para zafarse y matar a un par de soldados del Vietcong. Luego, Mason y Woods escapan. En el camino matan al Spetsnaz que mató a Bowman y toman una pista de aterrizaje. Logran volar en un helicóptero hasta una base donde se disponen a matar a Kravchentko. Este embosca a Mason y lo golpea hasta dejarlo agonizando. Woods sale por detras y acuchilla al Ruso, pero este revela que tiene una carga de explosivos en el cuerpo. Woods se sacrifica para salvar a Mason y se lanza por una ventana junto a Kravtchenko, quien explota matandose a si mismo y tambien a Woods. Luego Mason es rescatado por Reznov.

• Renacimiento (Desarrollo: ):

Versión de Mason: Mason y Reznov tienen que infliltrarse en un laboratorio soviético para matar a Steiner. Deciden ir por el tejado y los rusos alertan a todo el mundo de que hay intrusos. Despues de matar a todos los guardias, se encuentran con Steiner comunicándose con Weaver y soicitando refuerzos al equipo SOG. Steiner se da cuenta, Mason le empuja a la silla y Reznov le da unos golpes. Se ven a dos tipos que estan al otro lado del cristal, que resultan ser Hudson y Weaver intentado detener a "Reznov" para matarle.

Versión de Hudson: Hudson y Weaver se encuentran en unos semiorugas automáticos para llegar al laboratorio. A mitad del camino, los rusos les lanza un gas tóxico (Nova 6), destruyen los semiorugas y se ponen las mascarillas antigas para que no mueran en unos minutos. Se abren camino a tiros y poco después se encuentran con Steiner y Mason al otro lado del cristal con el traje de Dragovich y no lo detienen, ya que lo ha matado. Pero Hudson logra aturdir a Mason y se lo llevan a la base.

• Revelaciones (Desarrollo: ): Mason se encuentra en la sala de interrogatorios. Alguien entra en el interrogatorio y se descubre que los interrogadores eran Hudson y Weaver. Hudson desata a Mason y él le aturde, dejandolo inconsciente. Logra escapar del interrogatorio pero al llegar a la sala de comunicaciones, Hudson lo aturdió y lo dejó inconsciente durante unos segundos. Entonces ve imágenes de Dragovich, Kravchenko y Steiner cuando le intentaron conventir en una célula durmiente. Se ve también cómo Reznov se aprovechó del lavado de cerebro para introducir en Mason sus propias instrucciones: "Dragovich, Kravchenko, Steiner. Estos hombres deben morir". Hudson dice que Reznov murió en Vorkuta durante la huída y los 5 años que llevaba vivo eran producto de su imaginación. Hudson le dice que Mason intentó matar al presidente John F. Kennedy en el Pentágono como parte de su programación. Mason tenía lagunas en la memoria y dice que él es la clave para impedir que lancen el gas Nova-6, informando que la sala de comunicaciones para lanzar el gas está en un barco llamado Rusalka.

• Redención (Desarrollo: //): Mason, Hudson y Weaver se dirigen a interceptar un buque mercante soviético llamado Rusalka con helicópteros. Destruyen todo el barco y los helicópteros enemigos. El helicóptero que los transportaba explota después de que Hudson y Mason saltan, se reagrupan con Weaver en la cubierta inferior e interceptan la emisión. Esta proviene debajo del agua y Dragovich ha iniciando la emisión. Hudson, Mason y un grupo de soldados deciden ir al puesto de suministros submarino. Se encuentran con rusos, se abren paso a tiros y poco después se abren varios agujeros en el puesto submarino. Se encuentran con Dragovich y Hudson le dispara en el hombro derecho. Dragovich falla al disparar a Hudson, Mason lo atrapa y lo ahoga. Mientras lo mata, Mason le echa en cara entre otras cosas el haber intentado asesinar a Kennedy. A lo que Dragovich responde que quizás Mason había llevado a cabo el asesinato. Mason y Hudson escapan de la base submarina. Mientras suben a la superficie se oye la voz de Reznov diciéndole a Mason que "Aun queda mucho por hacer". Cuando llegan a la superficie, se encuentran con Weaver y un grupo de soldados en un barco y logran impedir que lancen el gas Nova-6. Finalmente escapan del Rusalka, mientras Weaver dice: "Ganamos". A lo que Mason responde: "Por ahora".

Tras los créditos finales, se ve y oye a una mujer decir los números en clave del juego mientras se oye la voz de Mason "traduciéndolos", diciendo cosas como "matar" y "Texas". Después se ven imágenes poco antes del asesinato de Kennedy y se observa a Mason en la multitud dando a entender que, efectivamente, Mason llevó a cabo su trabajo como célula durmiente.Misiones